Della vita di San Clemente si sa ben poco (92-101 AD). Secondo il più antico elenco dei vescovi di Roma, fu il terzo successore a San Pietro.
Fu l’autore di una famosa Lettera ai Corinti, scritta intorno al 96 a nome della Chiesa di Roma per metter fine d’autorità ai disordini avvenuti in seno alla Chiesa di Corinto. La lettera è uno dei primi testimoni all’autorità della Chiesa di Roma e fu tenuta in così alta considerazione che, verso il 170 e ancora nel corso del VI secolo, a Corinto ne veniva data pubblica lettura, insieme con il Vangelo.
San Clemente è onorato come martire: documenti dal IV secolo raccontano come S. Clemente, durante l’impero di Traiano (98-117), fu condannato all’esilio in Crimea e ai lavori forzati nelle miniere. Ivi la sua attività missionaria tra i soldati e i compagni di prigionia incontrò tale successo che i Romani lo legarono ad un’ancora e lo gettarono nel Mar Nero. Qualche tempo dopo le acque si ritrassero rivelando una tomba costruita dagli angeli i quali avevano ricuperato il corpo del santo e gli avevano dato sepoltura.
L’altare maggiore della basilica è costruito sulla confessio o tomba di martire nella quale si trova un’urna contenente le presunte reliquie di San Clemente e di S. Ignazio.
Fino a cento anni fa era opinione generale che l’attuale Basilica di San Clemente fosse la stessa a cui si riferiva S. Gerolamo nel 392 quando egli scriveva che nominis eius memoriam usque hodie Romae extructa ecclesia custodit.
Ma nel 1857 il Padre Joseph Mullooly, O.P., allora Priore di San Clemente, cominciò dei lavori di scavo sotto alla basilica attuale nel corso dei quali non solo scoprì la basilica originaria, del IV secolo, immediatamente al di sotto, ma anche, ad un livello ancora più basso, i resti di costruzioni più antiche ancora, del I secolo.
A questo terzo livello di San Clemente troviamo due edifici. Il meno pretenzioso è una costruzione in mattoni, probabilmente una casa romana, cioè, suddivisa in piccoli appartamenti disposti intorno a un cortile nel quale troviamo un tempietto Mitriaco della fine del II secolo. L’altro edificio è una più grandiosa struttura, rettangolare, costruita con grandi blocchi di tufo. All’interno di questo rettangolo vi è un cortile.
Gli architetti del IV secolo non fecero altro che interrare le stanze a pianterreno e il cortile, fino all’altezza del primo piano. Portato a questo nuovo livello, il cortile divenne la navata centrale della chiesa e le stanze che si affacciavano dalle due parti sul cortile furono trasformate nelle due navate laterali quali oggi ci appaiono. Poi alla chiesa rettangolare fu aggiunto un’abside.
Così completata, la basilica durò fino al 1100 circa, quando si scoprì che la costruzione era pericolante e doveva essere abbandonata. La chiesa del IV secolo fu riempita di pertrame fino in cima alle colonne che delimitavano le tre navate e su queste fondamenta fu eretta una seconda edizione della vecchia basilica, però di dimensioni un po’ ridotte. E così un nuovo San Clemente, quello di oggi, apparve.
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